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PhysioDesignerPhysioDesigner项目

PhysioDesigner项目

概要

PhysioDesigner是多阶层生体系统模型以及支持仿真模拟的应用平台,明确表现了生理技能的阶段性的同时又支援生成生物系统的计算模式加工和以推进综合性生体科学领域的研究为目的。

本公司从大阪大学,冲绳科学技术大学接受订单,自2007年以来参与该项目的开发。最初的开发名称为“insilicoIDE,”但是1.4.4版本释放后,随着该项目的框架变化改名为“PhysioDesigner”.同时我们升级了一个大的工程。

PhysioDesigner详细信息、下载是在PhysioDesigner的官方网站。
PhysioDesigner.org

平台设计

PhysioDesigner接口是在用户构建分层的生理功能数学模型时,省略所需的各种处理,可以很容易建立模型,进行图形化的设计。

PhysioDesigner开发的模型是按“PHML”描述语言存储的。这个描述语言就像是从细胞循环移动到个人层面上,对于各种水平的生理现象进行一般的描述和设计。

PhysioDesigner的功能单元是通过“模块”表示的。将复数模块的集合,作为一个大的模块,将其功能构造的层次性明确化。例如,将心脏的整体或者区域定义为一个模块,作为母模块,心脏的细胞作为子模块,更小内容作为子模块的子模块.这样就可以给其定义一个层次关系的模型。

相关项目

Model Database

是在线共享模型模型数据库。

模型建立

MorphologyEditor/ImageViewer:
这是一个用于读取生物表单模型和可视PhysioDesigner,3D多边形网状模型和医疗成像,纳入模型的工具。

4D Visualization Application

PhysioVisualizer:
通过4D的时间序列数据和形态(三维数据+时间轴)的可视化工具的能力,可视化的仿真结果。

为了提高各个领域的灵活应用和相互运用性,Garuda Alliance项目主要是以SBI(系统生物学研究组织)的北野宏明教授,冲绳科学研究院科技为主力进行的。上面的应用也符合Garuda Alliance的基准。以下附加的“IntaSect”的标志部分是根据冲绳科学技术大学的要求,本公司参与方案制定的。

这个技术的应用,可以模拟从分子水平到生物水平的整个系统循环代谢。

将来的目标

比如,如果在给药前模拟下心律失常药物的影响,就可以降低选择药物和用药的风险。项目中,由大阪大学、冲绳科学技术大学、东京大学,福冈大学以及京都大学等多个机关合作共同开发的项目中,正在努力尝试从实际出发,根据循环系统的药代动力,心脏肌肉细胞药理作用,影响心脏的跳动频率,构建这样的PhysioDesigner模型。

此外,对与帕金森氏症和神经系统疾病的患者,正朝着以一个基础系统预测医学为目标,运用PhysioDesigner,开始研究对大脑皮层的神经回路和神经元的药理作用。

而且,美国FDA(美国食品和药物管理局),SBI,冲绳科学技术大学,东京大学附属医院以及大阪大学,携手共进,运用PhysioDesigner,正在进行抗癌药物的心毒性检查项目。

以后,PhysioDesigner也将支持多层次建模生理学,将继续在预测医学和集成生命科学的发展中做出贡献。

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